Η ενδοσκοπική πολυποδεκτομή είναι μια επεμβατική μέθοδος που συνίσταται στην ανεύρεση, σύλληψη, εκτομή και αφαίρεση του πολύποδα. Αφορά τόσο στο ανώτερο όσο και στο κατώτερο πεπτικό, με συχνότερη όμως την ανεύρεση πολυπόδων στο παχύ έντερο. Η ενδοσκοπική πολυποδεκτομή διενεργείται με τη χρήση ειδικών βρόχων με ή χωρίς διαθερμία κατά την διάρκεια της κολονοσκοπήσεως. Χωρίς διαθερμία (cold snare) αφαιρούνται πολύποδες μικρότεροι του ενός εκατοστού ενώ για μεγαλύτερους πολύποδες είναι απαραίτητη η χρήση διαθερμίας (hotsnare). Σε περιπτώσεις επίπεδων πολυπόδων είναι απαραίτητη η διενέργεια υποβλεννογόνιας διήθησης του εντερικού τοιχώματος (EMR) για ασφαλέστερη και πληρέστερη εκτομή.